La déclaration commune franco-allemande à l'occasion du 40ème anniversaire de la signature du Traité de l'Élysée le 22 janvier 2003 a notamment institué en France et en Allemagne des secrétaires généraux pour la coopération franco-allemande. Ces derniers sont chargés de coordonner la préparation, la mise en œuvre et le suivi des décisions des instances politiques de concertation ainsi que le rapprochement des deux pays dans les institutions européennes. Ils participent au Conseil des ministres franco-allemand et président la Commission interministérielle pour la coopération entre l'Allemagne et la France. Ils s'engagent également en faveur de la coopération régionale et transfrontalière et du renforcement des liens entre les sociétés civiles des deux pays. Les secrétaires généraux célèbrent en outre la Journée franco-allemande, qui a lieu tous les ans à la date anniversaire de la signature du Traité de l'Élysée, par des interventions communes dans l'un des deux pays (à Paris et ses environs lors de la dernière édition, en janvier 2007), notamment des visites d'écoles destinées à encourager l'apprentissage de la langue du partenaire.

Les secrétaires généraux pour la coopération franco-allemande sont rattachés personnellement au chancelier allemand et au premier ministre français. Ils sont assistés d'un adjoint du pays partenaire.

En décembre 2021, la ministre adjointe aux Affaires étrangères, Anna Lührmann, a été nommée secrétaire générale pour la coopération franco-allemande.

Du côté de la France, le président Macron a nommé le 8 février 2024 Jean-Noël Barrot, ministre délégué chargé de l’Europe auprès du ministre de l’Europe et des Affaires étrangère et secrétaire général pour la coopération franco-allemande.